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    1941年12月初，在山本五十六海軍大將領導下的聯合艦隊由直屬部隊和9支艦隊構成。聯合艦隊直屬部隊包括第1戰隊（長門、陸奧）、第10航空戰隊（2艘水上飛機母艦）、第24戰隊（3艘特設巡洋艦）、第4、5潛水戰隊（各有1艘輕巡和3個潛水隊），其中"長門"號為聯合艦隊總旗艦，山本大將兼任第1戰隊司令官，通常情況下第1戰隊與第1艦隊的戰列艦部隊一道行動。

    第1艦隊是日本海軍的絕對主力，大部分戰列艦都在該艦隊編制內，包括第2戰隊（伊勢、日向、扶桑、山城）和第3戰隊（金剛、榛名、霧島、比睿），共計8艘戰列艦，此外還配屬第6戰隊（4艘古鷹級重巡）、第9戰隊（重雷裝艦北上、大井）、第1、3水雷戰隊（各有1艘輕巡和4個驅逐隊）和第3航空戰隊（航母鳳翔、瑞鳳和2艘驅逐艦）。

    在編制規模上第1艦隊是聯合艦隊最龐大的艦隊，也是艦隊決戰的核心力量，在開戰時由高須四郎中將任司令長官。

    第2艦隊是以重巡部隊為核心編成的艦隊，由近藤信竹中將任司令長官，下轄第4戰隊（4艘高雄級重巡）、第5戰隊（3艘妙高級重巡）、第7戰隊（4艘最上級重巡）、第8戰隊（2艘利根級重巡），總共13艘重巡洋艦，另編有第2、4水雷戰隊（各有1艘輕巡和4個驅逐隊）。

    在日本海軍預想的艦隊決戰計劃中，第2艦隊將是主要水面突擊力量，以強大的炮火和密集的魚雷攻擊削弱和擾亂美軍艦隊，配合己方戰列艦的攻擊。

    第3艦隊主要負責在華南沿海執行封鎖作戰，太平洋戰爭爆發后投入南進作戰，不過其實力相比第1、2艦隊差得多，在1941年12月時編有第16戰隊（重巡足柄、2艘輕巡）、第17戰隊（2艘布雷艦）、第5水雷戰隊（輕巡1艘和2個驅逐隊）、第6潛水戰隊（潛水母艦1艘、2個潛水隊和第12航空戰隊的2艘特設水機母艦），以及3個根據地隊（負責要地守備的部隊）。第3艦隊多數為老舊艦艇和輔助艦艇，司令長官為高橋伊望中將。

    第4艦隊負責中太平洋諸島的守備任務，在開戰后對威克島、關島等美占島嶼展開進攻，以"鹿島"號輕巡為旗艦，下轄第18戰隊（2艘輕巡）、第19戰隊（3艘布雷艦）、第5水雷戰隊（輕巡1艘和2個驅逐隊）和第7潛水戰隊（潛水母艦1艘和3個潛水隊），另有第24航空戰隊（千歲、橫濱航空隊）和4個根據地隊，司令長官是井上成美中將。

    這只艦隊就是日軍部署在金山衛外海的艦隊，上面搭配了日軍第十軍的7萬兵力！

    第5艦隊的作戰方向是北海道、千島群島和阿留申群島，其實力在諸艦隊中最為弱小，僅有第21戰隊（2艘輕巡）、第22戰隊（2艘特設巡洋艦）和第7根據地隊，由細萱戊子郎中將任司令長官。

    第6艦隊是潛艇部隊的主力，由清水光美中將指揮，以"香取"號輕巡洋艦為旗艦，下轄第1潛水戰隊（4個潛水隊）、第2潛水戰隊（2個潛水隊）和第3潛水戰隊（3個潛水隊），總共編有32艘潛艇，全部為伊號大型潛艇。

    除了上述6支水面戰艦和潛艇艦隊外，日本海軍在戰前建立了世界一流的海軍航空兵部隊，分為艦載航空兵和岸基航空兵兩部分，各自擁有一個艦隊建制。

    艦載航空兵部隊的主力就是由南云忠一中將指揮的第1航空艦隊，包括第1航空戰隊（赤城、加賀）、第2航空戰隊（飛龍、蒼龍）、第4航空戰隊（龍驤、春日丸）和第5航空戰隊（翔鶴、瑞鶴），每個航空戰隊各配屬1個驅逐隊擔任護衛。

    在太平洋戰爭開始時，第1航空艦隊無論裝備性能，還是訓練水平在世界范圍內都是頂尖的，也是日本海軍最精銳的部分。

    第11航空艦隊是一支停在陸地上的艦隊，因為它的主要力量是岸基航空部隊，在開戰時編有第21航空戰隊（鹿屋、東港、第1航空隊）、第22航空戰隊（美幌、元山航空隊）、第23航空戰隊（高雄、臺南、第3航空隊），此外還編有1個驅逐隊和若干負責飛機運輸和物資保障的輔助艦艇，司令長官為就塚原二四三中將。

    擊沉英國"威爾士親王"、"反擊"號的就是來自第11航空艦隊的陸攻部隊！

    九大艦隊的最后一支是小澤治三郎中將指揮的南遣艦隊，于1941年7月新編而成，僅有輕巡洋艦"香椎"號、海防艦"占守"號和第9根據地隊，開戰后得到從其他艦隊抽調的艦艇的加強，實力大為擴充，成為南進作戰的海軍主力。

    值得注意的是，上述編制是聯合艦隊在臨戰前的行政編制，并不等同于作戰編制！
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